Il 4 aprile 1258, il notaio De Amandolesio, rogava il testamento di Alassina, moglie di certo Oberto De Dandalo, che voleva essere sepolta nella chiesa di San Francesco, che i Frati Minori Francescani officiavano in un convento nei pressi del Forte del Colle. Si pensa che la costruzione del convento venisse indicata da padre Bonaventura da Bagnorea, divenuto generale dell’Ordine, nel suo passaggio per il viaggio di ritorno da Parigi dove aveva insegnato filosofia. Sempre alle zelanti cure dell’illustre claustrale San Bonaventura si deve il rifacimento della porta maggiore della cattedrale, che aveva sofferto nel terremoto del 1212 e nell’assedio del 1221.
      Nel 1520, Onorato Lanteri faceva erigere la cappella di famiglia, dedicata ai Re Magi, nella chiesa di San Francesco.
     Nel 1600, in una richiesta al Comune, il Priore del Convento limitrofo, chiamava Porta San Francesco la porta di Francia, detta poi Porta NIzza.
      Il vescovo Promotorio, nel 1682, fondava nella chiesa di San Francesco la Confraternita degli Agonizzanti.
      Nel maggio 1797, la Rivoluzione scoppiata anche in Genova trovava seguaci nelle Riviere. Ventimiglia mandava deputati in Genova per aderire, mentre il giorno 2 celebrava la rivolta con un banchetto, servito nel convento di San Francesco, mentre il giorno 14, nel corso di un corteo celebrativo, la cittadina Margherita Boeti non disdegnò di prestare le sue belle forme per rappresentare la Libertà, raffigurata a seno scoperto.
      Nel 1801, il complesso conventuale di San Francesco, a Porta Nizza, era ceduto dal Governo Ligure al Comune, che a sua volta ne faceva rivendita ai Padri Minori Osservanti.
      Il 31 dicembre 1866, era soppressa la chiesa dei Minori Osservanti, San Francesco, al posto del confinante Convento, già adattato a Caserma, era aperto il Regio Ginnasio.
      Negli Anni Sessanta, la Scuola Media Cavour, sprovvista di palestra, adatta la chiesa allo scopo, demolendo gli avanzamenti degli altari laterali e coprendo le pareti con fogli di masonite, allo scopo di rendere infortunistico l'ambiente.
      Nel 1980, L'Ente Agosto Medievale, alla ricerca di spazi ove svolgere degnamente il ricercato "Festival di Musuca Antica", adatta alla bisogna la chiesa di San Francesco, liberando le pareti dalla masonite e ridando luce agli altari demoliti.
     Sei anni più tardi, considerato che il Festival di Musica Antica abbandonò San Francesco, in attesa del ripristino del Teatro Comunale, la spoglia struttura cominciò ad essere usata per  sopperire alla richiesta d'un luogo per svolgervi cultura e spettacolo, dei quali la Città porgeva incessante richiesta. 
     Dal 7 al 15 agosto 1994, il Comitato per la valorizzazione della chiesa di San Francesco, a Ventimiglia Alta, ha aperto una mostra di immagini e reperti, contenuti anche in una pregevole pubblicazione, curata da Andrea Folli.
      Nell’agosto 1997, presso Porta Nizza, veniva accordato al pubblico l’adattamento della “Sala Polivalente San Francesco”, col rifacimento del pavimento, la dotazione di un profondo e pratico palcoscenico e con la disponibilità di opportuni servizi, ricavati nel cortiletto, aperto sulle mura cinquecentesche di mezzogiorno.